
平凡な市立図書館の司書・和泉透は、返却棚の奥に一冊の古びたノートを発見する。表紙には「命名録」と記されており、そこに人の名前と「消去」という言葉を添えて書くと、その人物は翌朝、静かに息を引き取る。透は最初こそ偶然だと思い込もうとするが、試しに書いた地元の汚職市議員が本当に死んだことで、ノートの力を確信する。彼は自分を「司書」と名乗り、社会の腐敗を密かに清算し始める。しかし、この不審な連続死に目をつけたのが、正体不明の民間分析家・霧島朔だった。霧島は複数の偽名と仮面を使い分けながら捜査を進め、透に接近する。二人は互いの正体を知らないまま、図書館の読書会で親しくなっていく。物語は透の視点、霧島の視点、そして透に協力し始めるフリーライターの女性・椿野芽衣の視点が交互に語られ、三者三様の思惑が絡み合う。霧島が透に肉薄するたびに、透は新たなルールの抜け穴を発見してかわしていく。やがてノートを巡って第三の人物が現れ、「命名録」の真の起源と、それを世界に送り込んだ存在の目的が浮かび上がる。誰が正義で、誰が悪かという問いは最後まで宙に浮いたまま、予想外の形で幕を閉じる。
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