平凡な大学院生・千葉悠人は、図書館の古い返却ボックスの中に一冊のノートを発見する。表紙には「神様のリスト」と記されており、中を開くと奇妙なルールが書かれていた。「名前と顔を思い浮かべてこのノートに書けば、その人物は72時間以内に社会的に『消える』」——死ぬのではなく、存在ごと抹消されるのだ。記憶、記録、痕跡、すべてが。悠人は最初、いたずらだと笑い飛ばす。しかしある夜、長年自分を苦しめてきた悪質な教授の名前を冗談半分で書いたところ、翌朝その教授は大学のどの記録からも消え、誰も彼のことを覚えていなかった。パニックに陥った悠人の前に、ノートの元の持ち主を名乗る謎めいた女性・白石澪が現れる。彼女は飄々とした態度でコーヒーをすすりながら「使い方を間違えないでね」とだけ言い残し、消える。同時に、国家公安委員会の敏腕捜査官・榊原知世が、社会から「消えた」人物たちの共通点を追い始める。彼女のチームは存在しない証拠を追い、見えない糸を手繰り寄せる。悠人、澪、榊原の三つの視点が複雑に交錯する中、ノートの真の目的と、それを最初に設計した「誰か」の意図が浮かび上がる。善意と傲慢の境界線、正義と消去の違いを問いながら、物語は誰も予想しない場所へと着地する。
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